NUESTRO EQUIPO
Sebastián Fuentes
Postdoctoral.
Sebastián investiga la estabilidad de comunidades microbianas de suelos antárticos frente a contaminación con hidrocarburos.
¿Por qué?
Porque los microorganismos son actores principales en los ciclos biogeoquímicos. Juegan un rol fundamental en el reciclaje de nutrientes, descomposición de materia orgánica y degradación de compuestos orgánicos persistentes. Las perturbaciones ambientales, sean naturales o antropogénicas, alteran las comunidades microbianas, pudiendo afectar su estabilidad y funciones ecológicas. Por su parte, los suelos antárticos son sistemas relativamente simples, donde la cadena trófica es principalmente microbiana. Estos suelos se encuentran bajo un creciente riesgo ambiental, principalmente en zonas pobladas y debido al uso de combustibles fósiles.
¿Cómo?
Sebastián estudia cómo la historia de una comunidad (histéresis) influye en el grado en que las comunidades soportan la perturbación (resistencia) y se recuperan de la misma (resiliencia). Mediante experimentos de microcosmos in situ y ex situ contaminados con diésel, evalúa la estabilidad y dinámica de componentes ecológicos (e.g. diversidad, estructura) y fisiológicos (e.g. respiración, expresión génica) de las comunidades microbianas. Para ello, emplea técnicas como secuenciación masiva del gen rRNA 16S, metagenómica, metatranscriptómica, qPCR de genes funcionales (e.g. degradación de hidrocarburos, ciclos biogeoquímicos), viabilidad celular, GC-MS, entre otras.
E-Mail: sebastian.fuentes.a@gmail.com
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María Estrella Alcamán
Postdoctoral. Mención Genética Molecular y Microbiología.
María Estrella desarrolló su tesis doctoral en el marco de la línea de investigación de diazotrofía en sistemas termales. Los aspectos claves de su investigación están relacionados con dilucidar quiénes y cuál es la importancia de los principales microorganismos diazótrofos, principalmente cianobacterias que conforman el tapete microbiano a lo largo de gradientes de temperatura en sistemas termales de Chile. A través de la biogeoquímica estudia la incorporación isotópica de C y N en sistemas termales, y con métodos moleculares (DGGE, librería de clones, qPCR) y bioinformáticos (metagenómica-metatranscriptómica) busca describir sus patrónes de actividad diarias de asimilación y fijación de nitrógeno (15N2 15NH4Cl, K15NO3) y carbono (H13CO3). Conocer las estrategias de asimilación de N y C de las principales poblaciones activas de organismos diazótrofos y autotrofos, le ha permitido definir la relevancia de éstos organismos en cuanto a su contribución en estos sistemas naturales extremos. En el laboratorio trabaja usando como modelo de estudio aislados de cianobacterias termófilas del sistema termal de Porcelana (Patagonia Norte), los cuales esta caracterizando para entender su actividad respecto a la asimilación de N y C a altas temperaturas.
Actualmente se desempeña como postdoc en la línea polar del grupo.
E-Mail:mealcaman@uc.cl
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Sergio Gajardo
Estudiante de Doctorado (PhD). Mención Genética Molecular y Microbiología.
Sergio está trabajando en describir las comunidades virales que infectan tapetes microbianos fotoautotróficos en sistemas termales, con especial énfasis en los bacteriófagos que infectan a los phila Cianobacteria y Cloroflexi. Esta evaluando el impacto de bacteriófagos en la diversidad, evolución y ecología de estos microorganismos termófilos utilizando técnicas de secuenciación masiva de ADN y ARN en muestras naturales y aislados en cultivo.
E-Mail:seguajardo@uc.cl
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Pablo Vergara Barros
Pablo en el marco de la unidad de investigación I, estudiará, a partir de metagenomas y metatranscriptomas previamente obtenidos desde el sistema termal Porcelana, cómo varía la expresión génica de genes clásicos de respuesta al estrés por temperatura a través de la gradiente de temperatura termal en comunidades microbianas termales -.
En una primera etapa analizará la expresión de genes relacionados a shock térmico, como por ejemplo genes codificantes para chaperonas, en el gradiente de temperatura de 48, 58 y 66ºc presente en la terma.
A partir de los resultados que se obtengan en la primera etapa, buscará establecer patrones de expresión génica en respuesta a temperatura, y asociación funcional y taxonómica.
José Ignacio Arroyo
Estudiante de Doctorado (PhD).Mención Ecología.
José Ignacio ha trabajado en la investigación de la evolución de los genes y genomas.
En particular, los patrones y procesos de la evolución de la familia de genes en eucariotas mediante herramientas bioinformáticas.
En su tesis doctoral estudiará las transiciones críticas en manantiales calientes microbiomas,
utilizando enfoques de metagenómica, macroecológicos y biología de sistemas.
Mi perfil está disponible en http://scholar.google.com/citations?user=vbgJPgkAAAAJ&hl=en
E-Mail:jonachoarroyo@gmail.com
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JERÓNIMO A. CIFUENTES ANTICEVIC
PROGRAMA DE MAGISTER EN BIOQUÍMICA.
Tesis título: DINÁMICA E IDENTIDAD DE ORGANISMOS CON PROTEORODOPSINA EN BAHÍA CHILE, ANTÁRTICA
Resumen del proyecto:
Buscamos nueva información de la diversidad, dinámica y actividad de microorganismos que presentan PR en aguas costeras antárticas, eligiendo la Bahía Chile como modelo de estudio costero durante el periodo estival. Para ello, se analizan metagenomas y metatranscriptomas de muestras obtenidas en varias expediciones, determinando así la dinámica estival de la comunidad de microorganismos que presentan PR en esta bahía. Además, se analizan experimentos de microcosmos realizados con agua de mar de Bahía Chile para determinar el efecto de la luz y la salinidad sobre la actividad y composición de esta comunidad de microorganismos que presentan PR en este ambiente. Con este proyecto, se espera comprender cómo se organiza la comunidad de PR, cuál es su composición y diversidad, así como también cuál es el grado de actividad de esta comunidad en particular en aguas costeras antárticas de Bahía Chile, así como el efecto que generan los parámetros ambientales particulares de salinidad y luz sobre la misma.
E-Mail: jeronimo.cifuentes@ug.uchile.cl
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Jaime Alcorta Loyola
Jaime está estudiando cianobacterias filamentosas termófilas aisladas de tapetes microbianos de la terma Porcelana (X Región de los Lagos, Chile). Estos aislados son capaces de fijar nitrógeno atmosférico en células diferenciadas, denominadas heterocistos, y pueden generar filamentos en más de un plano al eje de división (Subsección V, Orden Stigonematales). Además, estas cianobacterias son dominantes y los principales productores primarios por su actividad fotoautotrófica y capacidad de fijación de nitrógeno en Porcelana, donde fueron aislados. Por este motivo, presentan una estrecha relación con los ciclos del carbono y nitrógeno. Algunas de las preguntas en las que Jaime se esta enfocando son: ¿Cuál es su micro-diversidad fisiológica y metabólica dentro del tapete microbiano?, ¿cuál es el comportamiento de los genes relacionados con el metabolismo del nitrógeno?, y ¿cuáles son las características genómicas que les han permitido adaptarse a altas temperaturas?
E-Mail:jaalcort@uc.cl
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Blanca Lidia Águila Llanquilef
Lab Manager.
A cargo de la administración de proyectos y funcionamiento operativo de BDIEZ Lab.
E-Mail: blanquis2605@gmail.com
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